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spike-in的那些事
如果spike-in RNA序列很少，那么就可以直接说明是建库失败。如果spike-in 正常，但细胞RNA序列较少，可能是因为这个细胞本身就非常小，或者细胞在建库前出现了破损。检测出基因的数量与细胞大小直接相关。
spike-in方法 ：在RNA-Seq建库的过程中掺入一些预先知道序列信息以及序列绝对数量的内参。
a图为没有使用spike-in做为标准化，可以看出年轻和年老细胞中确定的核小体信号分布没有差别，而使用spike-in标准化(b图)后年老细胞中核小体的信号仅为年轻里的一半。
把样品放在冰上，加入CaCl2，这一步很关键，因为Ca会活化pAG-MNase，轻微震荡后，摇床上4度孵育2小时。之后加入stop buffer。如果你想加入spike-in，那么加完stop buffer后可以加入spike-in DNA。37度10分钟。
RNA spike-in是用于对DNA微阵列试验进行校正的DNA转录物，这种spike-in可以和标靶阵列的特异性控制（对照）探针进行杂交。商业化微阵列扫描仪的商家一般会同时提供的RNA spike-in试剂盒。
spike本意是大钉，你可以想象在那些申请无业补助（jobless benefit）的美国人中，发现了一颗“钉子”是个什么概念。。
单细胞测序这样的高通量技术的优势具体体现在哪里?
1、单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络，尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。
2、与一代、二代测序相比，单分子测序技术的优势：由于单分子测序具有通量更高，仪器和试剂相对便宜、操作简单等的优势而比第二代测序技术有更广阔的应用空间。
3、单细胞测序作为新出现的强有力工具，正是解析细胞网络的合适技术手段，它通过一次性对数以万计的细胞进行检测，绘制出组织或器官的细胞图谱，明确细胞间的调控模式和状态变化，为解析生命机制提供细胞层次分辨率的系统见解。
4、优势是超长读长、读取速度快、高通量和便携性，但是错误率非常的高。
5、染色体变异的最新进展包括基因编辑技术的发展，单细胞测序技术的应用，全基因组测序技术的普及，高通量筛选技术的创新具体如下。
ATAC-seq分析干货-1
1、随着测序技术的发展mnase-seq，我们ATAC-seq进行的高通量测序的策略一般是PE150（之前大部分为SE50）mnase-seq，因此双端测序能测的插入片段大约在350bp左右。
2、ChIP-Seq原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP） 特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段 ，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。ATAC-seq是 全基因组范围 内，找出所有的OCR。
3、差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点，ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount，可以选择edgeR、DESeq2等模型进行差异分析。
4、ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。要理解这项技术的作用，首先需要认识染色体的结构。
什么是mRNA测序(RNA-seq)?
RNA-seq即 转录组测序 技术mnase-seq，就是用 高通量测序 技术进行测序分析mnase-seq，反映出mRNAmnase-seq，smallRNA，noncodingRNA等或者其中一些mnase-seq的表达水平。RNA测序最经常用于分析差异表达基因（DEG）。
RNA-seq即转录组测序技术，就是用高通量测序技术进行测序分析，反映出mRNA，smallRNA，noncodingRNA等或者其中一些mnase-seq的表达水平。
RNA-Seq（RNA sequencing），也称为全转录组测序，是一种利用深度测序技术来研究样本的RNA组成的技术。
组学技术——ATAC-seq
相比起来，ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简单，而且只需要很少的细胞/组织量，同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。
ChIP-Seq原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP） 特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段 ，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。ATAC-seq是 全基因组范围 内，找出所有的OCR。
ATAC-seq技术由于其要求细胞量少，实验简单、快速、高效且应用范围广，是近年来转录调控、表观遗传修饰研究的一项重要的技术手段。近两年应用ATAC-seq方法发表的文章数量也是飞速上升，可见ATAC-seq的火爆程度。
ATAC-seq技术是近年来较为热门的用于研究染色质开放性的表观遗传学技术，ATAC-seq技术利用经改造的超敏Tn5转座酶容易接近并切割开放染色质的特性， 结合高通量测序技术即可获得染色质上开放区域的位置和DNA序列信息。
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads，得到clean reads用于后续分析。
不好意思，这不存在的，因为ATAC-Seq只是找到了全基因组范围的开放区域，而这些开放区域的产生未必是转录因子引起，所以需要一些预测性工作。
